Apache Spark with Frank Kane.

Another session with Apache Spark, with Frank Kane. Install apache spark. brew install apache-spark aironman@MacBook-Pro-de-Alonso ~> cd /usr/local/Cellar/apache-spark/2.4.4/libexec/conf/ aironman@MacBook-Pro-de-Alonso /u/l/C/a/2/l/conf> mv log4j.properties.template log4j.properties change INFO error level to ERROR aironman@MacBook-Pro-de-Alonso /u/l/C/a/2/l/conf> spark-shell # how many lines has this file? scala> sc.textFile("testSpark.txt").count res0: Long = 1 Download this set of files. http://files.grouplens.org/datasets/movielens/ml-100k.zip New scala project, new…

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Spark, rendimiento, shuffle

Es mejor usar repartition() en un Dataframe o partitionBy() en un RDD antes de ejecutar una operacion larga y costosa. operaciones como join(), cogroup(), groupWith(), join(),leftOuterJoin(), rightOuterJoin(), groupByKey(), reduceByKey(), combineByKey(), lookup() pueden ganar mucho si acertamos en el particionamiento. val moviePairs = ratings.as("ratings1") .join(ratings.as("ratings2"), $"ratings1.userId" === $"ratings2.userId" && $"ratings1.movieId" < $"ratings2.movieId") .select($"ratings1.movieId".alias("movie1"), $"ratings2.movieId".alias("movie2"), $"ratings1.rating".alias("rating1"), $"ratings2.rating".alias("rating2")…

Clarity code challenge

Some time ago, in a galaxy far far away, a company proposed me to do a challenge that consisted in creating a real time log file processing architecture, not in describing what one would look like, but in creating it from scratch. Obviously that felt like an attempt to rip me off, to steal work,…

Un día duro currando con opencv4.0

Un día del año pasado quise jugar con el framework opencv, basicamente es un framework para trabajar con visión artificial hecho en python. A mí me pareció muy farragoso y difícil de manejar, debido a mi inexperiencia con python. A ver si un día lo retomo, pero esta vez bajando una imagen docker con todo…

Trabajando buscando diferencias entre el virus de Wuhan y el encontrado en murciélagos .

Accesando a https://www.ncbi.nlm.nih.gov National Center biotechnology information MN988713.1 es el identificador para SARS COVID-19 MG772933.1 es el identificador para Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45 Uso curl para traerme los datos del genoma. $ curl -s 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sviewer/viewer.cgi?report=fasta&id=MG772933.1'>MG772933.1 Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45, complete genomeATATTAGGTTTTTACCTTCCCAGGTAACAAACCAACTAACTCTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGACTGTCACTTAGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTTTAATTATAATTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGTTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCATACCTTGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAGAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGGTCCACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGTGACGTGCTTGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTAGAGGAAGCTTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGTGTTTTACCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCTGATGCCCGAACTGCACCTCACGGCCATGTTATGGTCGAATTAGTAGCAGAACTCGATGGCATTCAGTATGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTTCTTGTCCCTCATGTAGGAGAGGTACCAGTTGCTTACCGTAAAGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCTTTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGTACTGATCCTATTGAAGATTTTCAAGAAAATTGGAACACTAAACATGGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCAAGCGTGAGCTTAACGGAGGTGCATACACTCGCTATGTAGACAACAACTTTTGTGGCCCAGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTGGCTCGTGCTGGTAAGGCTTCTTATGCTTTGTCTGAACAATTGGATTTTATTGACACTAAGAGAGGTGTGTACTGCTGCCGTGAACACGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGCTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAGTTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCTCTAAATTCAACAATCAAGACCATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGTTTCATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCTGTTGCTTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTCTCAATTCTCATGAAGTGTGACCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGTGATTTTGTTAGAGCCACTTGCGAATTCTGTGGTACTGAAAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACAACTTGTGGTTACTTACCTCAAAATGCTGTTGTAAAACTTTATTGTCCAGCATGTCATAATCCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCTGAATATCATAATGAGTCTGGTTTGAAAACCGTTCTTCGTAAGGGTGGTCGTACCATTGCTTATGGGGGCTGTGTGTTTGCTTATGTTGGTTGCTACAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGTGCTAACATAGGCTGTAATCACACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCTGAAAGTCTAAACGACAACCTTCTTGAAATATTGCAAAAGGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATTGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCCTCTATAAGTGCTTTTGTAGAAACTGTAAAAGGTTTGGATTACAAAACATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAACTTTAAAGTTACGAAGGGAAAAGCAAAGAAAGGTGCCTGGAACATAGGTGAACAAAGTTCAATACTGAGTCCGCTCTATGCGTTCCCTTCAGATGCTGCTCATGTTGTACGGTCTATCTTCTCACGCACACTAGAAACTGCTCACCATTCTGTGCATGTCTTACAAAAGGCTGCTATAATTATCTTAGATGGAATTTCACAGTATTCATTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGTTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCTTACATTACGGGTGGTGTTGTACAAATGACTTCACAGTGGCTAACAAATATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTTAAACCGGTTCTTGATTGGCTCGAAGAGAAATTCAAAGAAGGTATAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACTTGTGCTTGTGAAATAGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTCGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCCATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACACACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAGATCCAGAGAAGAAACTGGCTTACTCTTGCCTCTGAAAGCTCCAAAAGAAATTATTTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGTTTTACAACCATTAGAACAACCTACTAATGAGGCTGTTGAAGCTCCATTGATTGGTACACCAGTCTGTATTAACGGGCTCATGTTGCTCGAAATTAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAATAATACCTTCACACTTAAAGGTGGTGCACCAACAAAAGTCACTTTTGGTGATGACACTGTGATTGAAGTGCAGGGTTACAAGAGTGTAAACATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTAATTACACAGTTGAACTCGGTACAGAGGTAAACGAGTTCGCTTGTGTTGTTGCTGATGCTGTCATAAAAACTTTACAACCAGTATCTGAACTAATCATACCACTGGGCATTGATTTAGACGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTGTTTGATGAGTCCGGTGAATTTAAATTGTCTTCACATATGTACTGTTCTTTCTACCCTCCTGAAGATGAAGGGGAAGATGATTGTGAAGAAGGACAGTGTGAACCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAGGATGACTACCAAGGTAAACCTTTGGAGTTTGGTGCTACTTCTTTTTCTTCTTCTTCACAGGAAGAAGAACAAGAAGAGGATTGGTTAGAATCTGATAGTCAGGACGGCCAAGAGACTGCAGTTGAAGAAAATAAAATACCGAGTGTTGAAGTTCCACCTGTTTTGCAGGTGGAATCAACACCAGTTGTTACTGAAACTAGTGAACAAAATAATTTCACAGGTTATTTAAAATTAACTGACAATGTCTTCATTAAAAATGCTGACATTGTAGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAGCCTACAGTAGTTGTTAATGCAGCTAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCTGGAGCTTTAAATAAGGCAACTAACAACGCCATGCAGGTTGAATCTGATAAGTACATAACTACCAATGGGCCACTAATTGTGGGTGGTGGTTGTGTTTTGAGTGGACATAACCTTGCTAAAAATTGTCTTCATGTTGTTGGCCCTAATGTCAACAGAGGTGAAGACATTCAATTGCTTAAAAATGCTTATGAAAATTTCAATCAACATGAGATTTTACTCGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGATCCTGTACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGAAACTGTTCACACAAATGTCTATCTAGTTGTCTTTGACAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTAGAGATGAAGAGTGAAAAACAAGTAGAACAAAAAGTTGCTGAAAATCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTTTTACTGAAAATAAACCTTCAGTTGAACAAAGACAACAAGCTGAAGAGAAGAAAATCAAAGCCAGTATTGAAGAAGTTACAACTACTCTAGAGGAGACCAAGTTCCTTACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATCAATGGCAATCTTCACCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAAAGATATTGACACCACTTTCTTGAAGAAAGATGTTCCATATATAGTGGGTGATGTTATTAAAGAAGGCGCTTTAACTGCTGTAGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACCGAAATGCTTGCTAAAGCTTTAAGAAAAGTGCCAACAGATAATTATATAACCACCTACCCTGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAAGAAGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCTTTTTACATTTTACCATCTATTATCTCTAATGCGAAGCAAGAAATTCTAGGAACTGTTTCTTGGAACTTGCGAGAGATGCTCGCACATGCAGAAGAAACACGTAAGTTAATGCCTGTTTGTATGGAGACTAAAGCTATAGTTTCAACTATACAACGTAAGTACAAAGGCATTAAAATACAGGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACTAGTAAAACTACTGTAGCATCACTTATTAACACACTTAACAATCTAAATGAGACTCTTGTCACAATGCCATTAGGATATGTGACGCACGGTCTAAATTTAGAAGAAGCTGCTCGGTACATGAGGTCTCTCAAAGTACCGGCTACAGTCTCTGTTTCTTCACCAGATGCTGTTACAGCATATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCAAAAACACCTGAAGAACACTTTATTGAAACCGTTTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCTTATTCTGGACAGTCTACACAACTAGGCATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAGAGTGTATATTACACCAGTAATCCCACTACATTTCACCTAGATGGTGAAACTATCACCTTTGATAATCTTAAGACACTTCTCTCTTTGAGAGAAGTGAGGAATATTAAAGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACAC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